仲介手数料と消費税の関係についてご説明します。

宅建業法で定められた“不動産の売買における仲介手数料の上限”は、売買代金に対して3％＋6万円ですが、平成16年4月に税込表示が義務付けられたことにより、売買代金の3.15％＋6.3万円と表示されることになりました。
仲介手数料は課税対象です！

土地の売買は非課税取引です。土地は元来消費されるものではなく、その譲渡（売買）は、資本の移転の一種と考えられるためです。
土地に消費税等は課税されません！

不動産業者が売主であれば課税されます。（※不動産会社でなくても、課税事業者が売主であれば課税されますが、ここでは不動産業者と表示します）。
売主が個人なら非課税です。

平成16年の消費税法改正により、不動産の価格表示方式が総額表示方式に義務付けられました。そのため、広告されている不動産の価格にはすでに消費税が含まれています。

3,980万円（税込）の新築一戸建てを例にご説明します。
その内訳を、仮に、

とすると、
仲介手数料は消費税60万円を引いた額、3,920万円で計算します。
仲介手数料を計算すると、
3,920万円×3.15％＋6.3万円＝1,297,800円となります。